Во время Великой Отечественной войны был в звании старшего лейтенанта. В боях за город Сталинград С.С. Бондарь начал свой боевой счет. Он лично уничтожил 4 вражеских танка, 4 пушки и 8 автомашин с немецкой пехотой. В июльские дни 1943 года он со своим взводом отстаивал советскую землю в районе Курской дуги. Здесь славный воин уничтожил 3 немецких танка, в том числе одного «тигра». В числе первых со своими боевыми друзьями Бондарь форсировал широкий Днепр и в жестоких боях с врагом отвоевывал каждый метр земли. В районе Люблина его взвод разгромил вражескую колонну. Танкисты уничтожили 18 немецких автомашин и 13 пушек. В одном из населенных пунктов разыгрался жаркий танковый бой. Противник зажег соседнюю деревню, поставил недалеко от нее в засаду тяжелые танки, пытаясь преградить путь нашим машинам по шоссе. Офицер Бондарь на своем танке стремительно прорвался через огневую завесу. Своей дерзостью он ошеломил противника, огнем из пушки поджег две «пантеры» и одного «тигра». Вражеская засада была разгромлена. В боях неоднократно был ранен. Награжден орденами Отечественной войны 1 и 2 степени, Красного знамени, Красной Звезды, и четырьмя медалями, среди которых «За отвагу», «За оборону Сталинграда», «За победу над Германией».